Родился в Египте в бедной семье. Получил образование в основном из чтения Священного Писания. Жизнь проводил в Скитской пустыни в Нижнем Египте, где поселился около 431 года.
В начале своего монашеского пути Исаия пользовался наставлениями преподобного Пимена Великого и включил ряд его изречений в свои сочинения.
Исаия Отшельник был крайне смирен и имел дар благодатного плача. Современные ему монахи почитали подвижника и пользовались его наставлениями. Тогдашний Александрийский патриарх также был знаком с аввой Исаией и считал его праведником.
На закате жизни подвизался в полном отшельничестве, за что и получил свое прозвание.
