Автор иллюстраций к монографии «История Градостроительного искусства» тт. 1, 2. В 1986 г. начала заниматься иконописью под руководством о. Вячеслава Савиных. В 1987 — 1988 гг. принимала участие в проектировании иконостасов храма Семи Вселенских Соборов вновь открывшегося в Москве Данилова монастыря. Для центрального иконостаса этого храма Е. Д. Шеко написала две иконы: надвратные сени над северной и южной дверью.
С 1998 года работает преподавателем Факультета Церковных Художеств ПСТБИ. Принимала участие в реконструкции и разработке системы росписи строящегося храма Христа Спасителя (в составе 12 мастерской Моспроекта).
С 2005 года заведует кафедрой иконописи.
Иконы мастерской Екатерины Шеко украшают многие храмы Москвы и Московской области, а так же ряд приходов Московской Патриархии за рубежом.
C 2004 года руководит работой научного отдела базы данных по иконографии восточнохристианского искусства ПСТГУ.
Является автором-разработчиком серии дисков «Азбука иконописца».
