Родился в семье слесаря ткацкой фабрики и дочери диакона. Родители, с религиозным благоговением относясь к знаниям, сделали всё, чтобы сын мог получить серьёзное светское образование. Николай Беляев, внук крепостного, поступил после сельского училища в гимназию и окончил её с золотой медалью. Учился в школе села Раменского, затем в Третьей московской гимназии, окончил её в 1908 году с золотой медалью. Окончил Московскую духовную академию (1911—1915). 11 (24) июня 1911 года принял монашество в Зосимовой пустыни. Постриг совершил ректор Московской духовной академии епископ Феодор (Поздеевский). Летом 1911 года — рукоположён во иеродиакона, а в 1913 году — во иеромонаха. Летом 1914 года совершил путешествие на Святую землю и Афон. В 1915 году получил степень кандидата богословия, дипломная работа: «Святой Варсонофий Великий. Его жизнь и учение». Назначен преподавателем гомилетики в Нижегородскую духовную семинарию (1915—1918 годы). Возведён в сан архимандрита. Был настоятелем Старо-Голутвинского монастыря Московской епархии. Указом Священного синода от 13 февраля 1920 года архимандриту Варнаве было определено быть епископом Васильсурским викарием Нижегородской епархии. 29 февраля 1920 года состоялась его епископская хиротония. В начале августа 1920 года назначен старшим викарием епархии и переведён в Печерский Вознесенский монастырь. Осенью 1931 года переехал в Москву. 16 марта 1933 года арестован ОГПУ за создание тайного монастыря и «антисоветскую пропаганду» среди молодёжи, содержался в Бутырской тюрьме. Скончался 6 мая 1963 года. Похоронен на Байковом кладбище Киева.
