Иеромонах Пафнутий (Фокин) родился 5 апреля 1976 года в городе Уфе Республики Башкортостан. С 1996 года обучался в Московской духовной семинарии, а по ее окончании ‒ в Московской духовной академии. В 2005 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Святоотеческое учение о терпении (по Добротолюбию)» под научным руководством заслуженного профессора МДА Константина Ефимовича Скурата.
С 27 марта 2003 года по настоящее время — насельник Свято-Троицкой Сергиевой Лавры. Монашеский постриг принял в 2007 году.
Указом Святейшего Патриарха Кирилла от 29 июля 2020 года назначен исполняющим обязанности настоятеля храма Преображения Господня в Звездном городке. Указом Святейшего Патриарха Кирилла от 21 июля 2022 года утвержден в должности настоятеля храма Преображения Господня – Патриаршего подворья в Звездном городке.
Отец Пафнутий является автором ряда книг, посвященных истории Троице-Сергиевой Лавры и подвижникам благочестия Радонежской земли.
